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조세심판원 결정

적법한 심판청구인지 여부(수정수입세금계산서발급신청거부의 처분성)

사건번호조심2024관0071
결정일2024-12-19
결과각하
관련법령
부가가치세법 제35조 제3항

쟁점

적법한 심판청구인지 여부(수정수입세금계산서발급신청거부의 처분성)

결정요지

청구법인이 수정수입세금계산서를 발급신청한 사안은 종전에 수정수입세금계산서를 발급신청한 내용과 동일한 사안으로, 이 건의 거부통지는 청구법인에 대한 처분청의 단순통지에 지나지 아니하므로 심판청구의 대상인 새로운 처분으로 볼 수 없음

결정문 정보

청구번호조심 2024관0071 (2024.12.19)
세목관세
결정유형각하

제목

적법한 심판청구인지 여부(수정수입세금계산서발급신청거부의 처분성)

결정요지

청구법인이 수정수입세금계산서를 발급신청한 사안은 종전에 수정수입세금계산서를 발급신청한 내용과 동일한 사안으로, 이 건의 거부통지는 청구법인에 대한 처분청의 단순통지에 지나지 아니하므로 심판청구의 대상인 새로운 처분으로 볼 수 없음

관련법령

부가가치세법 제35조 제3항

주문

심판청구를 각하한다.

이유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2017.9.21.부터 2021.12.13.까지의 기간(이하 "쟁점기간"이라 한다) 동안 싱가포르 소재 A(이하 "쟁점수출자"라 한다)로부터 수입신고번호 OOO호 등 52건으로 나프타 제조용 원유(이하 "쟁점물품"이라 한다)를 수입하면서, 사단법인 대한석유협회의 '나프타 제조에 소요되는 원유 할당관세 세부추천요령'(이하 "이 건 추천요령"이라 한다)에 따라 물량을 신청하고 추천받아 할당관세율 0.5%를 적용하여 수입신고하였고, 처분청은 이를 수리하였다.

나. 처분청은 2022.5.2. 청구법인에 대해 관세조사를 실시한 결과, 청구법인이 이 건 추천요령에 따른 할당관세 추천 대상 원유 물량 계산 시 이를 과다하게 산정하여 추천받은 것을 확인하고, 과다하게 산정되어 할당관세율(0.5%)을 적용받은 원유(약 140만 배럴)에 대해 기본관세율 3%를 적용하여, 2022.9.19. 청구법인에게 관세 부과제척기간이 만료되는 수입신고번호 OOO호 등 4건에 대해 관세 OOO원, 부가가치세 OOO원 및 가산세 OOO원 합계 OOO원을 경정․고지(이하 "선행①처분"이라 한다)하였다.

다. 또한, 처분청은 2022.9.23. 청구법인에게 수입신고번호 OOO호 등 48건에 대해 관세 OOO원, 부가가치세 OOO원 및 가산세 OOO원 합계 OOO원을 경정․고지(이하 "선행②처분"이라 하고, 선행①처분과 선행②처분을 합하여 "선행처분"이라 한다)하였다.

라. 청구법인은 2022.10.12. 처분청에 선행처분과 관련한 부가가치세 OOO원(=OOO원+OOO원)의 수정수입세금계산서 발급을 신청(이하 "제1차 발급신청"이라 한다)하였으나, 처분청은 2022.11.23. 이를 거부(이하 "제1차 회신"이라 한다)하였다.

마. 이후 청구법인은 2023.7.14. 부가가치세 OOO원의 수정수입세금계산서 발급을 재신청(이하 "제2차 발급신청"이라 한다)하였고, 처분청은 2023.8.24. 이를 거부(이하 "쟁점거부 통지"라 한다)하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2023.11.20. 이의신청을 거쳐 2024.4.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 (1) 쟁점거부 통지는 본안심리 대상이다. 처분청은 쟁점거부 통지는 불복의 대상이 되는 처분이 아닌 단순 민원회신에 불과하고, 제1차 발급신청에 대한 거부처분 이후 90일이 도과하였기 때문에 부적법하다는 의견이나, 청구법인은 「부가가치세법」 제35조 제5항에 따라 「국세기본법」에서 정한 부과제척기간(5년) 이내에 수정수입세금계산서 발급신청을 하였으며, 수정수입세금계산서의 재발급을 제한하는 조항이 달리 명시되지 않는 한, 부과제척기간 내 수정수입세금계산서의 재발급 신청은 허용되어야 한다. 또한, 처분청은 제2차 발급신청을 정식으로 접수하였고, "수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침"에 따라 의견조회 등의 절차를 거쳐 미발급 처분을 회신하였다. 행정처분이 불복기간의 경과로 인해 확정될 경우 그 확정력은 그 처분으로 법률상 이익을 침해받은 자가 해당 처분이나 재결의 효력을 더 이상 다툴 수 없다는 의미일 뿐 판결과 같은 기판력이 인정되는 것은 아니다. 그 처분의 기초가 된 사실관계나 법률적 판단이 확정되고 당사자들이나 법원이 이에 기속되어 모순되는 주장이나 판단을 할 수 없게 되는 것은 아니다(서울고등법원 2008.3.27. 선고 2007누21367 판결, 대법원 2008.4.17. 선고 2008두5919 판결). 즉, 거부처분을 받고 불복기간이 도과해 해당 처분이 확정되었더라도 이는 해당 처분의 효력을 다툴 수 없다는 의미이지, 새로운 처분까지 다툴 수 없다는 뜻은 아니다. (2) 청구법인은 법령에 따라 수정수입세금계산서 발급을 신청할 수 있고, 정당한 사유가 있는 한 처분청은 이를 발급하여야 한다. 수정수입세금계산서 발급과 관련한 법령에 따르면, 납세자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 납세자 자신의 귀책사유가 없는 경우 5년 이내에 수정수입세금계산서 발급 신청이 가능하며, 이와 같은 발급사유가 인정되는 한 세관장(처분청)은 납세자에게 수정수입세금계산서를 발급해 주어야 한다. (3) 수정수입계산서를 발급받을 정당한 사유가 존재한다. (가) 외부에서 구입한 후 BTX Mixture 및 톨루엔(이하 "방향족 원료"라 한다)으로부터 발생한 정유이체 주․부산물은 처음부터 할당관세와는 관련이 없다. 방향족 원료로부터 발생한 정유이체 주․부산물은 외부로부터 전량 구입되었다는 점에서 동 물량을 할당관세율 적용 대상에서 제외함에 따라 일반 관세율이 적용되어야 할 과세대상으로 간주한 선행처분은 과세대상이 아닌 과세물건에 대한 과세에 해당하므로 그 자체로 명백히 위법하며 청구법인이 수정수입세금계산서를 발급받아야 마땅하다. (나) 이 건 추천요령 산식에 비추어서도 방향족 원료로부터 발생한 주․부산물은 할당관세율 적용대상 물량에서 공제되지 않아야 한다. 이 건 추천요령에 할당관세 대상 원유량의 산출 방법을 규정하고 있는 이유는 할당관세가 적용되지 아니하고 무관세 등으로 수입된 원유의 경우에는 일반 관세율의 적용 대상이 아니므로 나프타 제조용으로 사용되었는지 여부를 살펴볼 필요가 없기 때문이다. 이와 같이 청구법인은 할당관세와 무관하게 외부로부터 구입한 방향족 원료 및 그로부터 발생한 주․부산물을 정유이체 주․부산물에서 공제하여 할당관세 적용대상 원유량을 산정하는 것은 합리적이고 이 건 추천요령에도 부합하는바, 청구법인에게 귀책사유가 없으므로 수정수입세금계산서를 발급받을 충분한 이유가 있다. (다) 주무관청을 신뢰하여 납세의무를 이행하였으므로 청구법인에게는 정당한 사유가 존재한다. 나프타 제조용 원유에 대한 할당관세는 산업통상자원부장관이 주무부장관으로서 그 적용과 해석․운영에 대하여 1차적 권한을 가지고 있다. 청구법인은 원유를 수입한 모든 기간 동안 할당관세 대상 원유량을 산정하기 위한 증빙자료를 산업통상자원부 및 대한석유협회에 성실히 제출해 왔고, 산업통상자원부장관은 임의로 추천 신청사 중 일부를 선정하여 할당관세 추천 물량 산정의 적정성 여부 및 추천 신청 시 제출한 자료의 타당성 여부를 검사하였으나 방향족 원료로부터 발생한 주․부산물을 제외하는 산식은 단 한번도 문제되었던 적이 없다. 이에 청구법인은 산업통상자원부 및 대한석유협회의 관리 감독 결과를 신뢰할 수 밖에 없었고, 청구법인의 관할 세관의 정기 관세조사 시에도 매번 할당관세의 적정성에 대하여 점검을 받았지만 방향족 원료와 관련하여 문제 제기를 받아본 적이 없다. 또한, 산업통상자원부와 대한석유협회 및 이들로부터 의뢰를 받아 검증을 직접 수행한 외부용역업체도 할당관세 추천물량과 관련한 어떠한 문제 제기도 없었다. (4) 선행처분은 당연무효이므로 수정수입세금계산서가 발급되어야 한다. 청구법인이 별도의 절차를 통하여 외부로부터 수입한 방향족 원료 및 그로부터 발생한 주․부산물을 정유이체 주․부산물에서 공제하여 할당관세 적용대상 원유량을 산정한 것은 지극히 합리적이나 선행처분은 중대한 하자가 있는 행정처분으로서 그 하자가 외관상 객관적으로 명백한 경우에 해당하여 당연무효이므로 수정수입세금계산서 발급에 정당한 사유가 존재한다.

나. 처분청 의견 (1) 쟁점거부 통지는 본안심리 대상이 아니다. (가) 쟁점거부 통지는 단순한 민원회신으로서 사실행위에 불과하므로 불복청구의 대상이 되는 처분이 아니다. 청구법인은 2022.10.12. 처분청에 제1차 발급신청을 하였고, 처분청은 2022.11.23. 이를 거부통지하였다. 이후 청구법인은 2023.7.14. 제2차 발급신청(제1차 발급신청과 동일한 사유)을 하였으나, 처분청은 2023.8.21. 이를 거부통지하였다. 즉, 청구법인의 권리 또는 이익을 새로 침해하는 것이 아닌, 단순한 민원제기 및 이에 대하여 처분청이 민원 측면에서 수정수입세금계산서 발급 신청을 거부한다고 알려주는 단순한 민원회신으로서 사실행위에 불과하여 불복청구의 대상이 되는 처분이라 할 수 없다. 또한, 납세의무자가 과세관청으로부터 수정수입세금계산서 발급신청에 대한 거부통지를 받은 후에도 「국세기본법」 제26조의2 제1항에 따른 기간 내(부과제척기간 5년)라고 해서 언제든지 과세관청에 동일한 청구를 다시 할 수 있다고 한다면, 결과적으로 수정수입세금계산서 발급신청 거부통지에 대한 불복청구기간(해당 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내)이 국세를 부과할 수 있는 기간(부과제척기간 5년)으로 연장되는 것과 같게 되어 「관세법」과 「국세기본법」상 불복청구 기간을 불변기간으로 규정하고 있는 취지에 반하게 되므로 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당한다. (나) 부과제척기간이 도과한 물품에 대한 청구법인의 수정수입세금계산서 발급 신청은 부적법하여, 처분청이 이를 거부하였더라도 불복청구의 대상이 되는 처분으로 볼 수 없다. 경정청구기간이 도과한 후에 제기된 경정청구는 부적법하여 과세관청이 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 거부처분을 할 의무가 없으므로, 과세관청이 경정을 거절하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다(대법원 2015.3.12. 선고 2014두44830 판결). 위 법리와 마찬가지로 수정수입세금계산서 발급 신청은 「부가가치세법시행령」 제72조 제3항에 따라 「국세기본법」 제26조의2 제1항의 국세를 부과할 수 있는 기간 즉, 부과제척기간 내에 하여야 하고, 그 기간 경과 후 수정수입세금계산서 발급 신청은 부적법하여 과세관청이 이를 거절하였다 하더라도 이를 불복청구의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다. 「관세법」 제21조 제1항에서는 관세부과의 제척기간을 해당 관세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 정하고 있고, 같은 법 시행령 제6조에서는 「관세법」 제21조 제1항에 따른 관세부과의 제척기간을 산정할 때에 수입신고한 날의 다음날을 관세를 부과할 수 있는 날로 규정하고 있다. 또한, 같은 법 제4조에서 수입물품에 대하여 세관장이 부과·징수하는 부가가치세 등 내국세의 부과·징수 등에 관하여 「국세기본법」의 규정과 이 법의 규정이 상충되는 경우에는 이 법의 규정을 우선하여 적용하도록 규정하고 있으므로, 이 건 부가가치세에 대하여는 5년의 부과제척기간이 적용된다. 이 건의 경우, 청구법인은 2023.7.14. 처분청에 2차 수정수입세금계산서 발급 신청을 한바, 쟁점물품 중 2017.9.21.부터 2018.6.21.까지 수입신고한 물품(수입신고번호 OOO등 10건)에 해당하는 부가가치세 OOO원에 대한 수정수입세금계산서 발급 신청은 부과제척기간이 5년이 경과 한 것으로 이는 부적법하며, 처분청이 거부하였더라도 이를 불복청구의 대상이 되는 처분으로 볼 수 없다. (2) 수정수입세금계산서 발급 거부 처분은 적법하다. (가) 수정수입세금계산서의 발급 관련 규정은 엄격하게 해석되어야 한다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하다고 할 것이다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 참조). 이와 같은 입법 목적, 판례의 취지를 감안하면 「부가가치세법」상 수정수입세금계산서의 발급을 허용하는 규정에서 '귀책사유 없음'은 엄격하게 해석하되 그에 대한 입증책임은 청구법인에게 있으며, 청구법인은 이 건 추천요령에 대하여 자의적 해석으로 청구법인의 산정방식으로 할당 대상 원유량을 과다하게 추천받은 것으로 청구법인에게 귀책사유가 없었다고 볼만한 사정은 존재하지 않는다. (나) 청구법인에게 착오 또는 경미한 과실에 있다거나, 귀책사유가 없음을 증명한 경우에 해당한다고 보기 어렵다. 나프타 제조용 원유에 할당관세를 적용하는 취지를 살펴보면 국내 석유화학산업의 경쟁력 강화를 위해 그 기초 원재료인 나프타를 직접 수입할 때는 낮은 관세율(0.5%)이 적용되는데, 원유(3%)를 수입·정제하여 국내에서 생산한 나프타를 원재료로 사용하면, 원유에 부과된 관세가 나프타에 전가되어 세율의 불균형이 발생하는바, 이러한 문제를 시정하기 위해 나프타 제조용 원유에 대하여 할당관세를 적용하게 된 것이다. 즉, 국내 나프타 가격안정을 통한 석유화학산업의 경쟁력 강화 및 낮은 관세 적용을 받는 수입 나프타와 국내 생산 나프타간의 세율 불균형을 시정하기 위함인바, 할당 물량의 정확한 산출이 매우 중요하고 할당 물량이 과다하게 산정되지 않아야 한다. 이 건 추천요령 제7조 등에 따르면, 할당관세 추천 대상 원유량은 '대상 나프타 공급물량'에 단위 소요량을 적용하되 부산물을 차감하여 산출하며, '대상 나프타 공급물량'은 제8호 서식의 전전월의 '국내 나프타 공급물량'을 기준으로 산정하도록 규정하고 있다 '국내 나프타 공급물량'은 ① 사내이체 물량과 ② 사외판매 물량을 합한 것을 말하며, '사내이체 물량'을 산정하는 방식은 석유화학원료용 나프타 투입량에서 정유이체 주․부산물을 제외토록 규정하고 있는데, 이 건 추천요령 제10호 서식에서는 "정유이체 주․부산물은 석유화학시설에서 정유시설로 이체되는 물량을 말하며 다만, 석유화학시설에서 사용되는 자가연료는 포함하지 아니한다"고 규정되어 있다. 석유화학시설에서 정유시설로 이체되는 주․부산물에는 ㉮ 수입원유 정제공정에서 생산된 나프타로부터 생성된 주․부산물, ㉯ 수입 나프타에서 생성된 주․부산물, ㉰ 방향족 원료에서 생성된 주․부산물, 이렇게 3가지가 정우시설로 이체되는데, 청구법인은 청구법인의 산정방식으로 ㉰ 이 건 쟁점원료에서 생성된 주·부산물을 이 건 추천요령 제10호 서식의 사내이체량 공제에 포함하지 않아, 이 건 추천요령 제8호 서식의 할당관세 대상 원유량을 과다하게 산정하였다. (다) 석유화학공정은 통합공정이라는 특성상 수입원유에서 생산된 나프타, 수입 나프타, 방향족 원료를 함께 투입·화학반응을 일으켜 주·부산물이 만들어지므로 그 발생 원천이 다를 뿐 이들 3가지 주·부산물을 구분하여 계산할 수 없다. 이에 청구법인도 최종 생산량 계산이 가능한 자일렌과 톨루엔의 생산비율을 사용하고 수입 BTX Mixture의 수출국내 Survey Report 자료상의 조성 비율을 참고하여, 자일렌과 톨루엔 외의 최종 생산량을 추정한 후 '㉰ 방향족 원료에서 생성된 주․부산물'을 추정하여 산출하였다. 즉, 청구법인은 석유화학공정 특성상 '㉰ 방향족 원료에서 생성된 주․부산물'만을 정확하게 구분하여 계산할 수 없음에도 이를 추정하여 산출한 것에 불과한 것인바, 이와 같이 추산한 물량을 '정유이체 주·부산물'에서 제외시킬 수는 없다. 따라서 청구법인은 관련 법령을 준수하지 않고 이 건 추천요령에 대하여 자의적 해석하여 할당 대상 원유량을 과다하게 추천받아 청구법인에게 착오 또는 경미한 과실이 있다거나, 귀책사유가 없음을 증명한 경우에 해당한다고 보기 어렵다. (라) 이 건 추천요령과 관련하여 관계기관 등에 어떠한 질의도 하지 않은 청구법인에게 그 귀책사유가 있으므로 수정수입세금계산서를 발급 받을만한 사유가 없다. 청구법인은 '나프타 제조에 사용되는 원유'에 대한 할당관세 물량을 산정하면서 청구법인 산정 방식 및 관련 법 해석 등에 대하여 관계기관에 어떠한 질의도 하지 아니하고, 자의적으로 해석하여 할당관세 물량을 과다 산정하였는바, 그 귀책사유는 청구법인에게 있으므로 쟁정처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점 ① 본안심리 대상인지 여부 ② 수정수입세금계산서 발급 거부 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2022.10.12. 처분청에 선행처분과 관련한 부가가치세 OOO원의 수정수입세금계산서 발급을 신청하였으나, 처분청은 2022.11.23. 이를 거부하였고, 이와 관련하여 청구법인은 심판청구 등 별도의 불복절차를 이행한 사실이 없다. (2) 청구법인은 2023.7.14. 처분청에 부가가치세 OOO원의 수정수입세금계산서 발급을 재신청하였고, 처분청은 2023.8.24. 제1차 발급신청 거부 사유와 동일한 이유로 이를 거부하였다. (3) 청구법인은 2024.4.30. 제2차 발급신청에 대한 처분청의 쟁점거부 통지에 불복하여 2023.11.20. 이의신청을 거쳐 심판청구를 제기하였다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인이 2023.7.14. 수정수입세금계산서를 제2차 발급신청한 사안은 2022.10.12. 수정수입세금계산서를 제1차 발급신청한 내용과 동일한 사안으로, 쟁점거부 통지는 청구법인에 대한 처분청의 단순 통지(민원회신)에 지나지 아니하므로 심판청구의 대상인 새로운 '처분'으로 볼 수 없어서 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다. (나) 쟁점②는 쟁점①에서 이 건 심판청구가 부적법한 것으로 판단되었으므로 그 심리를 생략한다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하므로 「관세법」제131조 , 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 (1) 관세법 제21조(관세부과의 제척기간) ① 관세는 해당 관세를 부과할 수 있는 날부터 5년이 지나면 부과할 수 없다. 다만, 부정한 방법으로 관세를 포탈하였거나 환급 또는 감면받은 경우에는 관세를 부과할 수 있는 날부터 10년이 지나면 부과할 수 없다 제71조(할당관세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 100분의 40의 범위의 율을 기본세율에서 빼고 관세를 부과할 수 있다. 이 경우 필요하다고 인정될 때에는 그 수량을 제한할 수 있다.

1. 원활한 물자수급 또는 산업의 경쟁력 강화를 위하여 특정물품의 수입을 촉진할 필요가 있는 경우

2. 수입가격이 급등한 물품 또는 이를 원재료로 한 제품의 국내가격을 안정시키기 위하여 필요한 경우

3. 유사물품 간의 세율이 현저히 불균형하여 이를 시정할 필요가 있는 경우 ② 특정물품의 수입을 억제할 필요가 있는 경우에는 일정한 수량을 초과하여 수입되는 분에 대하여 100분의 40의 범위의 율을 기본세율에 더하여 관세를 부과할 수 있다. 다만, 농림축수산물인 경우에는 기본세율에 동종물품ㆍ유사물품 또는 대체물품의 국내외 가격차에 상당하는 율을 더한 율의 범위에서 관세를 부과할 수 있다. ③ 제1항과 제2항에 따른 관세를 부과하여야 하는 대상 물품, 수량, 세율, 적용기간 등은 대통령령으로 정한다. ④ 기획재정부장관은 매 회계연도 종료 후 5개월 이내에 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 관세의 전년도 부과 실적 및 그 결과(관세 부과의 효과 등을 조사ㆍ분석한 보고서를 포함한다)를 국회 소관 상임위원회에 보고하여야 한다. 제320조(가산세의 세목) 이 법에 따른 가산세는 관세의 세목으로 한다. (2) 관세법 시행령 제6조(관세부과 제척기간의 기산일) 법 제21조 제1항에 따른 관세부과의 제척기간을 산정할 때 수입신고한 날의 다음날을 관세를 부과할 수 있는 날로 한다. 제92조(할당관세) ① 관계부처의 장 또는 이해관계인은 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 할당관세의 부과를 요청하고자 하는 때에는 당해 물품에 관련된 다음 각호의 사항에 관한 자료를 기획재정부장관에게 제출하여야 한다.

1. 제91조 제1항 제1호 내지 제5호의 사항에 관한 자료

2. 당해 할당관세를 적용하고자 하는 세율ㆍ인하이유 및 그 적용기간

3. 법 제71조 제1항 후단의 규정에 의하여 수량을 제한하여야 하는 때에는 그 수량 및 산출근거 ② 관계부처의 장 또는 이해관계인은 법 제71조 제2항의 규정에 의하여 할당관세의 부과를 요청하고자 하는 때에는 당해 물품에 관련된 다음 각호의 사항에 관한 자료를 기획재정부장관에게 제출하여야 한다.

1. 제91조 제1항 제1호 내지 제5호의 사항에 관한 자료

2. 당해 할당관세를 적용하여야 하는 세율ㆍ인상이유 및 그 적용기간

3. 기본관세율을 적용하여야 하는 수량 및 그 산출근거

4. 법 제71조 제2항 단서의 규정에 의한 농림축수산물의 경우에는 최근 2년간의 월별 또는 분기별 동종물품ㆍ유사물품 또는 대체물품별 국내외 가격동향 ③ 법 제71조의 규정에 의한 일정수량의 할당은 당해 수량의 범위안에서 주무부장관 또는 그 위임을 받은 자의 추천으로 행한다. 다만, 기획재정부장관이 정하는 물품에 있어서는 수입신고 순위에 따르되, 일정수량에 달하는 날의 할당은 그날에 수입신고되는 분을 당해 수량에 비례하여 할당한다. (3) 부가가치세법 (2022.12.31. 법률 제19194호로 개정되기 전의 것) 제35조(수입세금계산서) ① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때(제50조의2에 따라 부가가치세의 납부가 유예되는 때를 포함한다)에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 "수입세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다. ② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 "수정수입세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

1. 「관세법」에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수입하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우

2. 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 「관세법」에 따라 수정신고하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 「통일상품명 및 부호체계에 관한 국제협약」에 따른 관세협력이사회나 「관세법」에 따른 관세품목분류위원회에서 품목분류를 변경하는 경우

나. 합병에 따른 납세의무 승계 등으로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우

다. 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우 ③ 수입하는 자는 제2항에도 불구하고 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하지 아니하는 경우 「국세기본법」 제26조의2 제1항이나 같은 조 제6항 제1호에 따른 기간 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장에게 수정수입세금계산서의 발급을 신청할 수 있다. ④ 제2항에 따라 수정수입세금계산서를 발급한 세관장은 제54조를 준용하여 작성한 수정된 매출처별 세금계산서합계표를 해당 세관 소재지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑤ 수입세금계산서 또는 수정수입세금계산서의 작성과 발급 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 부가가치세법 시행령 (2023.2.28. 대통령령 제33271호로 개정되기 전의 것) 제72조(수입세금계산서) ① 법 제35조 제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조 제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다. 이 경우 법 제50조의2 제1항에 따라 부가가치세 납부가 유예되는 때에는 수입세금계산서에 부가가치세 납부유예 표시를 하여 발급한다. ② 세관장은 「관세법」에 따라 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 같은 법 제28조 제2항, 제38조의2 제1항ㆍ제2항, 제38조의3 제1항부터 제3항까지, 제38조의4 제1항, 제46조, 제47조 및 제106조에 따라 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급하는 경우에는 법 제35조 제2항에 따라 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다. 다만, 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 「관세법」 제38조의3 제1항에 따른 수정신고를 하는 경우에는 법 제35조 제2항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당할 때에만 수정한 수입세금계산서를 발급한다. ③ 법 제35조 제2항 제2호 각 목 외의 부분에서 "세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.

1. 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위

2. 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수하는 행위

3. 그 밖에 제1호 또는 제2호와 유사한 행위 ④ 법 제35조 제2항 제2호 다목에서 "수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 「관세법」 제9조 제2항에 따라 수입신고가 수리되기 전에 수입자가 세액을 납부한 경우로서 같은 항에 따른 수입신고가 수리되기 전에 해당 세액에 대하여 수입자가 수정신고하거나 세관장이 경정하는 경우

2. 수입자의 귀책사유 없이 「관세법」 등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성ㆍ제출되었음이 확인된 경우

3. 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 제36조 제2항에 따라 가산세의 전부를 징수하지 아니하는 경우

4. 「관세법」 제37조 에 따른 사전심사에 따라 통보된 과세가격 결정방법을 적용하여 수입자가 수정신고하거나 세관장이 경정하는 경우

5. 「관세법」 제38조 제2항 단서에 따라 수입신고를 수리하기 전에 세액을 심사하는 물품에 대하여 감면대상 및 감면율을 잘못 적용한 경우

6. 제1호부터 제5호까지에서 규정한 사항 외에 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우 ⑤ 세관장이 제2항과 제3항에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하는 경우에는 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급한 날을 작성일로 적고 비고란에 최초 수입세금계산서 발급일 등을 덧붙여 적은 후 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급한다. ⑥ 법 제35조 제3항에 따라 수정수입세금계산서를 발급받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 수정수입세금계산서 발급신청서를 해당 부가가치세를 징수한 세관장에게 제출하여야 한다. ⑦ 제6항에 따라 신청을 받은 세관장은 신청을 받은 날부터 2개월 이내에 수정수입세금계산서를 발급하거나 발급할 이유가 없다는 뜻을 신청인에게 통지하여야 한다. ⑧ 세관장이 제7항에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하는 경우에는 그 작성일은 발급결정일로 적고 비고란에 최초 수입세금계산서 발급일 등을 덧붙여 적은 후 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰며, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급한다. ⑨ 제1항부터 제8항까지에서 규정한 사항 외에 수입세금계산서 또는 수정한 수입세금계산서의 작성과 발급 등에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. (5) 국세기본법 제68조(청구기간) ① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다. (6) (사)대한석유협회 공고 제2018-1호 2018년 나프타 제조에 소요되는 원유 할당관세 세부추천요령

출처

조세심판원 결정문 · 사건번호 조심2024관0071
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