청구법인이 쟁점수출자와 신약공동개발계약을 체결하고 지급한 쟁점금액이 청구법인이 국내 임상실험을 위하여 수입한 쟁점물품의 권리사용료로 쟁점물품과 관련이 있고 거래조건으로 지급된 것인지 여부

청구법인이 쟁점수출자와 신약공동개발계약을 체결하고 지급한 쟁점금액이 청구법인이 국내 임상실험을 위하여 수입한 쟁점물품의 권리사용료로 쟁점물품과 관련이 있고 거래조건으로 지급된 것인지 여부

청구법인이 쟁점계약에 따라 취득할 권리는 향후 신약의 개발성공시 독점적으로 상업화할 권리로 쟁점금액은 쟁점물품 수입 등과 관련 없이 쟁점계약상 지급요건 충족시 지급하는 것으로 쟁점물품과 관련성이 있다거나 거래조건으로 지급된 것으로 보기 어려움

관세법 제30조 제1항제4호 / 관세법 시행령제19조 제1항

인천세관장이 2024.8.14. 청구법인에게 한 부가가치세 OOO원 및 가산세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2019.12.2. 미국 소재 A(이하 "쟁점수출자"라 한다)와 경구용 면역항암제의 도입 및 공동개발을 위한 COLLABORATION AND LICENSE AGREEMENT(이하 "쟁점계약"이라 하고, 그 계약서를 "쟁점계약서"라 한다)을 체결(2023.10.4. 일부 수정되었다)하였다.

나. 청구법인은 쟁점계약에 따라 쟁점수출자가 개발한 신약후보물질 B(이하 "쟁점신약후보물질"이라 한다)의 제2상 임상시험을 수행하기 위하여 2021.3.8. 및 2022.10.28. 쟁점수출자로부터 수입신고번호 OOO등 2건으로 쟁점신약후보물질을 25mg 및 75mg의 태블릿(tablet) 형태로 만든 임상시험용 제제(製劑) 576병(이하 "쟁점물품"이라 한다)을 수입하면서 쟁점계약서 별첨 F에 기재된 가격(25mg : OOO달러/병 및 75mg : OOO달러/병)을 쟁점물품의 과세가격으로 신고하였고, 처분청은 이를 수리하였다.

다. 처분청은 2023.6.21.부터 2023.7.18.까지 청구법인에 대하여 관세조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점계약에 따라 쟁점수출자에게 지불한 1단계 개발 마일스톤(Development Milestone) 미화 OOO 달러(이하 "쟁점마일스톤"이라 한다)가 권리사용료로서 쟁점물품과 관련되고 거래조건으로 지급되었다고 보아, 쟁점물품의 과세가격에 이를 가산하여 2024.8.14. 청구법인에게 부가가치세 OOO원 및 가산세 OOO원 합계 OOO원을 경정․고지(이하 "쟁점처분"이라 한다)하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장 (1) 쟁점마일스톤은 쟁점계약에 따른 조건이 달성되었기 때문에 쟁점물품의 대가와 별도로 지급된 것이다. 신약개발은 크게 ① 발견(Discovery) 및 연구(Research), ② 개발(Development), ③ 상업화(Commercialization)의 3단계로 대별되는데, 이러한 신약 개발 과정에는 임상시험의 성공 여부와 무관하게 평균적으로 10년∼15년 이상의 긴 연구개발 기간이 소요되고, 수천억 원에 달하는 막대한 투자가 필요하며, 위와 같은 과정을 거쳐 최종적으로 신약개발이 성공하는 확률은 평균 7.9%이고, 특히 종양(Oncology) 질환에 대한 임상시험 성공률은 이보다 낮은 약 5.3%이다. 따라서 신약후보물질을 개발하는 제약사(라이선서, 이하 "개발 제약사"라 한다)는 해당 신약후보물질에 관심이 있는 다른 제약사(라이선시)에게 신약후보물질의 상업화를 위한 개발 과정에서 연구개발 성과에 대한 라이선스를 허여하는 방식을 취함으로써 신약 개발의 실패에 대한 위험을 분산하는데, 일반적으로 라이선시 제약사에게 장래 상업화에 성공할 신약을 제조․판매할 권리에 대한 대가를 상업화 준비 과정의 진전에 따라 분할 또는 선급하게 하고, 경우에 따라 임상시험의 수행 등 상업화를 위한 중요 과정을 직접 수행하여 위험과 비용을 분담할 것을 요구한다. 위와 같이 권리에 대한 대가를 분할 또는 선급하게 하는 이유는 신약후보물질을 개발하기 위해서는 장시간이 소요되고 막대한 투자가 필요하며 그 성공률도 극히 낮기 때문에 대가의 분할 또는 선급을 통하여 계약체결 시점까지 투입한 비용을 회수하기 위함인데, 이는 신약후보물질의 상업화 성공 이후에 사용 대가를 일괄 지급하도록 할 경우 라이선시 제약사가 후일 약정된 대가를 지급하지 않을 수 있고, 라이선시 제약사도 거액의 대가를 일시에 지급해야 하는 부담이 있기 때문이다. 라이선시 제약사가 부담하는 대가는 일반적으로 ① 계약체결 시점에 지급하는 업프런트(Upfront), ② 개발단계에서 지급하는 개발 마일스톤(Development Milestone), ③ 상업화 후 매출을 달성할 때 지급하는 판매 마일스톤(Sales Milestone), ④ 상업화 후 순매출액의 일정 비율로 지급하는 로열티(Royalty) 등으로 구성된다. 위와 같은 각종 금원은 서로 다른 성격이 아니라, 장래 신약후보물질의 개발(또는 상업화)이 성공할 경우 그 경제적 가치(신약에 대한 권리)를 확보하기 위한 동일한 성격의 금원이고, 상업화 이후 신약 판매 라이선스 대가의 분할지급(선급)의 성격을 갖는다. 청구법인은 쟁점수출자와 쟁점계약을 체결하고, ① 청구법인이 쟁점신약후보물질을 모든 항암 치료제의 개발․제조․상업화에 사용하고, ② 상업화 성공 시 이를 한국․중국 및 대만에서 독점적으로 제조 및 판매하기 위한 특허․노하우 등 지식재산권에 대한 실시권(라이선스)을 허락받으며, ③ 그 대가로 청구법인이 쟁점수출자에게 라이선스료(Licence Fee)를 분할해서 지급하는 한편, ④ 한국 식품의약품안전처(이하 "식약처"라 한다) 등 규제기관으로부터 쟁점신약후보물질의 품목허가를 받기 위하여 제2상 임상시험을 포함한 임상시험을 수행할 의무를 부담하였고, ⑤ 위암 적응증에 대한 제2상 임상시험을 진행하기 위해 필요한 쟁점물품을 쟁점수출자로부터 구매하고 그 대가로 쟁점계약서 별첨 F에서 정한 금액을 지급하기로 합의하였다. 다만, 쟁점계약 체결 당시 쟁점수출자는 쟁점신약후보물질을 25mg 및 75mg 형태로 제제화하여 국내 임상수탁기관(Contract Research Organization, CRO)인 C 주식회사(이하 "c"이라 한다)를 통해 진행성 암(Advanced cancer)에 대한 국내 제1․2상 임상시험을 진행 중인 상태였다. 청구법인은 쟁점계약에 따라 신약 개발 및 상업화 후 신약의 제조․판매에 대한 독점적 라이선스(권리)의 대가로서 쟁점수출자에게 업프런트․개발 마일스톤(쟁점마일스톤)․판매 마일스톤 및 로열티 등을 지급한다. 개발 마일스톤(쟁점마일스톤)은 신약 개발 과정에서 일정한 조건이 달성되면 청구법인에게 지급의무가 발생하고, 판매 마일스톤은 신약 개발 성공 후 청구법인이 판매하는 신약의 매출액이 처음으로 일정액에 도달할 때 지급하며, 로열티는 청구법인이 국내, 중국 또는 대만에서 신약을 제조․판매할 경우 순매출액의 일정비율로 지급한다. 쟁점마일스톤의 지급조건은 청구법인 또는 쟁점수출자가 대한민국 또는 중국에서 제2상 임상시험에서 쟁점신약후보물질을 첫 환자에게 투여 시 지급하는 조건인데, 청구법인이 쟁점계약에 따른 제2상 임상시험을 시작하기 전에 쟁점수출자가 c을 통하여 별도로 수행하던 제2상 임상시험 과정에서 국내 환자에게 쟁점신약후보물질을 최초로 투약함에 따라 그 지급조건이 달성되었기 때문에 청구법인은 2020.4.1. 쟁점수출자에게 쟁점마일스톤을 지급하였다. 다만, 청구법인은 c의 임상시험과는 독립적으로 위암 적응증에 대한 제2상 임상시험부터 수행하기로 하였고, 이를 위해 쟁점물품을 쟁점계약서 별첨 F에 기재된 가격으로 수입하였으며, 그 구매가격을 과세가격으로 신고하였다. (2) 쟁점마일스톤은 쟁점물품에 체화된 권리의 대가가 아니므로 관련성 요건을 충족하지 않는다. (가) 쟁점마일스톤은 장래에 쟁점신약후보물질을 포함한 의약품의 시판허가를 받을 경우 이를 독점적으로 상업화할 권리에 대한 대가이므로 쟁점물품과 관련성이 없다. 「관세법 시행령」 제19조 제3항 각호에서 각 권리의 종류별로 관련성이 인정될 수 있는 경우를 규정하고 있고, 권리사용료가 수입물품과 관련된다고 하기 위해서는 그 권리가 수입물품에 일정한 방식으로 체화․구현되어야 한다. 그런데 쟁점마일스톤은 장래에 쟁점신약후보물질이 특정 국가에서 신약으로서 품목허가를 받아 상업화에 성공할 경우 취득할 제조․판매할 권리(라이선스)에 대한 대가인바, 상업화 이전에 수입된 쟁점물품에 장래 상업화 후에야 형성될 해당 권리가 체화․구현될 수 없으므로 쟁점물품과 관련성이 없다. 처분청은 업프런트 미화 OOO 달러는 장래 상업화 후에 신약을 제조․판매할 권리에 대한 대가로 보아 비과세하였는바, 쟁점마일스톤도 그와 동일한 성격이므로 비과세되어야 한다. 처분청은 쟁점마일스톤이 '제품개발의 독점적 권리' 또는 '제2상 임상시험을 수행할 독점적 권리'에 대한 대가이므로 쟁점물품과 관련성이 있다는 의견이나, 청구법인의 임상시험은 쟁점계약상 쟁점신약후보물질을 포함한 의약품의 시판허가를 받아 이를 독점적으로 상업화 할 권리를 실현하기 위하여 수행해야 할 의무일 뿐, 권리라고 할 수 없다. 설령, 처분청 의견대로 제품개발 및 임상시험을 수행할 권리가 존재한다고 하더라도, 이는 「관세법 시행령」 제19조 제2항의 법정 권리에 해당하지 않을뿐더러 그 내용도 쟁점물품의 수입 후 국내에서 수행되는 활동으로서 쟁점물품에 체화․구현되지 아니하므로 관련성 요건을 충족하지 못한다. (나) 쟁점마일스톤의 지급시기를 보더라도 쟁점마일스톤은 쟁점물품과 관련성이 없다. 쟁점마일스톤은 장래 신약에 대한 권리의 대가를 분할 선급하는 것으로 단지 그 지급시기를 국내 또는 중국에서 제2상 임상시험의 첫 환자에게 쟁점물품을 투약한 시점으로 정한 것일 뿐인바, 쟁점마일스톤이 제2상 임상시험의 대가라거나 관련성이 있다는 처분청 의견은 타당하지 않다. 더구나 쟁점마일스톤은 청구법인이 아닌 쟁점수출자가 수행 중인 제2상 임상시험 과정에서 지급조건을 충족한 시점(2020.4.1.)에 지급되었고, 쟁점물품은 그로부터 약 1년 이후인 2021.3.8. 및 2022.10.28. 수입되었는바, 쟁점마일스톤이 청구법인의 제2상 임상시험 수행의 대가로 보기 어렵다. 한편, 청구법인이 쟁점마일스톤을 지급하지 않으면 쟁점계약을 통해 취득하고자 하는 향후 권리의 대가로 업프런트․판매 마일스톤․로열티가 증액될 것인바, 이는 쟁점마일스톤이 다른 금전 지급의무들과 하나의 실체를 가진다는 점을 시사하고, 이들 금전지급 의무는 쟁점신약후보물질을 포함한 의약품을 시판허가받아 이를 독점적으로 상업화할 권리를 취득하기 위한 대가이다. (다) 처분청이 주장하는 '개발할 수 있는 권리' 내지 '임상시험을 수행할 수 있는 권리'는 관세법령상 권리사용료의 대상이 아니고, 청구법인이 쟁점수출자에게 기술사용료를 지급할 필요가 없다. 처분청은 쟁점마일스톤이 '개발할 수 있는 권리' 내지 '임상시험을 수행할 수 있는 권리의 대가'라고 주장하면서도 '쟁점물품에 체화된 기술 사용료'라고도 주장한다. 그러나 쟁점계약으로 청구법인이 그러한 권리를 취득하였다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 그러한 권리는 관세법령상 권리사용료의 대상에 해당하지도 않는다. 처분청은 쟁점마일스톤이 쟁점물품에 체화된 어떤 기술과 권리에 대한 권리사용료에 해당하는지 구체적으로 밝히지 못하고 있다. 오히려 「특허법」상 쟁점물품을 임상시험에 사용하기 위하여 청구법인이 별도의 기술사용료를 지급할 필요가 없고, 이는 쟁점수출자의 서신에서도 확인되는바, 쟁점수출자가 대한민국 내 CRO(임상전문서비스 회사)나 임상현장에서 임상시험 수행을 위한 의약품을 제공할 때에도 권리사용료를 받지 않음을 밝히고 있다. (라) 쟁점계약서상 일부 문구를 근거로 청구법인의 의무를 권리로 단정하는 것은 부당하다. 처분청은 쟁점계약서상 일부 문구를 근거로 청구법인이 '개발 내지 임상시험을 수행할 독점적인 권리'를 갖는다는 의견이다. 쟁점계약서에는 쟁점수출자가 청구법인에게 쟁점수출자의 특허권 등에 대한 라이선스를 허락한다고 기재되어 있으나, 「특허법」상 임상용 물질을 사용한 개발이나 임상의 수행은 권리 허여나 대가 지급 없이도 누구나 수행할 수 있으므로 개발 및 임상에 관한 독점적인 권리는 존재하지 않는바, 위와 같은 계약내용은 '장래에 쟁점신약후보물질을 포함한 의약품이 시판허가를 받으면 이를 독점적으로 상업화할 권리'를 허락한다는 사실을 달리 표현한 것일 뿐이다. 처분청은 청구법인이 '임상시험을 수행할 권리'를 행사하여 ⓛ 임상시험의 주도권을 갖고, ② 쟁점수출자의 기술과 노하우를 이전받고 활용할 권리를 얻으며, ③ 이러한 임상시험 수행을 통해 경험을 축적하고 기여에 따라 자체 발명․특허와 공동 발명․특허도 얻을 수 있으므로 이러한 권리는 경제적 가치가 있다는 의견이다. 그러나 임상시험의 수행은 막대한 비용과 자원의 투입이 요구되고, 실패 시 엄청난 위험부담을 수반하는바, 위와 같은 요소들은 쟁점마일스톤을 지급할 만한 권리이거나 경제적 가치가 있는 것들이라고 볼 수 없다. (마) 쟁점마일스톤을 지급하지 않는다면 쟁점계약이 해지된다는 처분청 의견은 계약을 잘못 해석한 것이다. 처분청은 청구법인이 쟁점마일스톤을 지급하지 않으면 쟁점계약은 해지될 수 있고, 이 경우 청구법인이 쟁점계약상 갖는 권리가 소멸하는 반면, 쟁점수출자는 쟁점마일스톤을 수령할 권리를 여전히 보장받기 때문에 쟁점마일스톤의 지급이 제2상 임상시험 수행조건이라는 의견이다. 그러나 청구법인이 쟁점마일스톤을 지급하지 아니하여 쟁점계약이 해지될 경우 소멸하는 권리는 '장래에 쟁점 신약후보물질을 포함한 의약품이 시판허가를 받으면 이를 독점적으로 상업화할 권리'일 뿐이고, 이에 따라 청구법인이 이러한 권리를 실현하기 위한 임상시험을 진행할 필요가 없어지기 때문에 임상시험을 중단하게 되는 것일 뿐이다. 만일 청구법인이 쟁점마일스톤을 지급하지 않는 경우에는 쟁점계약이 해지되므로 그와 독립적인 다른 의무인 임상시험 수행단계로 나아가지 않는바, 처분청 의견과 같이 쟁점마일스톤의 지급과 제2상 임상시험의 수행이 서로 조건이나 대가 관계에 있다고 볼 수 없다. 또한, 처분청 의견대로라면 청구법인이 쟁점계약상 부담하는 의무 중 업프런트 지급 의무를 포함하여 모든 의무의 불이행이 쟁점계약의 해지 사유가 되므로 쟁점물품과 관련성이 있다고 보아야 할 것임에도, 처분청 스스로 업프런트는 쟁점물품의 과세가격에 가산되지 않는다고 판단하였는바, 이는 처분청의 의견과도 모순된다. (3) 쟁점마일스톤은 쟁점물품의 수입을 위해 거래조건으로 지급된 것이 아니다. (가) 쟁점마일스톤은 장래의 권리에 대한 대가이므로 쟁점물품의 수입을 위한 거래조건이 아니다. 「관세법 시행령」 제19조 제5항에 따르면, 권리사용료가 거래조건으로 지급되는 경우는 수입물품의 구매자가 판매자에게 권리사용료를 지급하지 않고서는 판매자로부터 당해 수입물품을 구매할 수 없거나 구매자가 판매자로부터 수입물품을 구매하기 위해서는 반드시 판매자에게 권리사용료를 지급해야 하는 경우를 말한다. 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인이 쟁점마일스톤을 지급하지 않는다면 장래 신약에 관한 권리를 취득하지 못할 뿐, 쟁점물품의 구매에 직접적인 영향이 없고, 쟁점계약서에 쟁점마일스톤을 지급하지 않았다는 이유로 쟁점수출자로 하여금 쟁점물품의 판매를 금지하거나 이미 판매된 쟁점물품을 회수하도록 하는 조항도 없다. 또한, 쟁점계약상 청구법인과 쟁점수출자는 쟁점물품의 대가를 별도로 합의하였을 뿐, 개발 마일스톤이 쟁점물품의 대가라고 합의한 바 없다. 만일 청구법인이 임상을 수행하지 않는 것으로 쟁점계약을 체결하였다면, 청구법인은 쟁점물품을 수입하지 않았을 것임에도 오히려 더 큰 금액의 마일스톤 지급의무를 부담하게 되었을 것이고, 이는 쟁점수출자의 서신에서도 확인된다. (나) 청구법인은 쟁점물품을 쟁점수출자로부터 수입하지 않고 직접 제조할 수도 있으므로 쟁점마일스톤이 쟁점물품의 거래조건이라고 볼 수 없다. 청구법인은 공개된 특허 정보를 통해 쟁점물품을 제조할 수 있으나 노력․시간․비용상 효율적이지 않고, 이러한 상황이 청구법인과 쟁점수출자에게 모두 유리한 것이 아니므로 쟁점수출자가 청구법인의 임상 수행 의무 및 책임에 협조 또는 지원하는 차원에서 쟁점물품을 계약가격으로 공급한 것이다. (다) 처분청이 거래조건성이 충족된다고 주장하는 기타 사정들도 모두 부당하다. 처분청은 ① 어떤 권리의 사용이 어떠한 물품의 수입을 위한 거래의 전제가 된 이상 거래조건성의 충족된 것이고, ② 쟁점마일스톤의 지급 시점은 이와 무관하며, ③ 쟁점계약상 쟁점마일스톤이 제2상 임상시험의 조건이므로 쟁점물품의 거래조건이라는 의견이다. 그러나 ① 처분청은 어떤 권리의 사용이 쟁점물품의 수입을 위한 거래의 전제인지 입증하지 못하고 있고, ② 쟁점마일스톤은 청구법인의 임상시험의 대가가 아니라 장래의 권리 취득을 위한 의무로서 그 지급시점도 쟁점수출자가 제2상 임상시험 단계에서 첫 환자에 투약한 시점이며, 쟁점수출자의 서신에 따르더라도 쟁점물품의 대가는 쟁점 계약 별첨 F의 금액이고, 그 공급을 위해 라이선스료를 별도로 지급받지 않으며, 쟁점마일스톤은 그 대가가 아님이 분명하다. (라) 쟁점마일스톤을 과세할 경우 이미 상업화되어 판매되고 있는 항암치료제의 가격보다 더 높은 가격이 형성이 되어 현실에 부합하지 않는다. 대법원에서 시판허가를 받기 전의 임상용 의약품과 시판용 의약품은 법률적 취급과 상업적 가치가 전혀 다르므로 동일한 가격으로 과세될 수 없다고 판단하였는바(대법원 2016.5.27. 선고 OOO 판결), 처분청이 재결정한 쟁점물품의 과세가격(병당 평균 미화 OOO달러, 정당 평균 미화 OOO러)은 청구법인이 쟁점계약에 따라 신고한 과세가격(병당 평균 미화 OOO달러, 정당 평균 미화 OOO달러)은 물론, 이미 품목허가를 받아 상업화에 성공한 다른 항암치료제의 가격(정당 가격 OOO원∼OOO원)을 크게 상회한다. 한편, 마일스톤을 임상용 의약품의 과세가격에 포함시키면 국내 제약사들은 임상시험이 실패하여 임상용 의약품이 가치가 없더라도 마일스톤만큼의 관세를 추가로 부담하게 되는데, 이는 마일스톤을 지급하지 않는 다국적 제약사들에 비해 국내 제약사들이 더 많은 과세 부담을 하게 되어 국익에 부합하지 않는다.

나. 처분청 의견 (1) 쟁점마일스톤은 쟁점물품에 체화된 기술 사용에 대한 대가이므로 관련성을 충족한다. (가) 쟁점마일스톤의 지급대상 권리는 제2상 임상시험을 수행할 수 있는 권리이고, 쟁점물품에 쟁점수출자의 기술이 체화되어 있다. 쟁점계약은 쟁점수출자가 청구법인에게 대상지역 내에서의 위암 영역에 한정된 '본건 제품'의 ① 개발 및 ② 제조ㆍ상업화에 사용할 수 있는 독점적인 라이선스를 부여하는 것을 목적으로 한다. 쟁점물품은 쟁점계약상 '본건 제품'에 해당하는 것으로서 청구법인은 쟁점계약을 통해 쟁점수출자의 특허가 체화된 쟁점물품을 개발․제조․상업화 등에 사용할 수 있는 포괄적이고 독점적인 라이선스를 부여받았다. 이러한 포괄적인 라이선스에 대해서 쟁점계약은 제조와 임상시험 등을 구분하고 있고, 쟁점수출자는 임상시험 물품 공급과 관련하여 쟁점계약 별첨 F에 해당하는 물품을 청구법인에게 제공하여야 할 의무가 있으며, 쟁점계약에서 쟁점물품을 제2상 임상시험 목적으로만 사용할 수 있다고 규정하고 있다. 쟁점마일스톤은 제2상 임상시험을 수행할 수 있는 라이선스를 대가로 쟁점수출자의 기술에 대한 사용료라고 할 수 있고, 이러한 기술은 쟁점물품에 체화되어 있다. 청구법인은 쟁점계약으로 인해 청구법인이 취득한 권리는 '장래의 신약에 관한 권리'일 뿐 신약 완성 이전 단계의 이루어진 지급금은 모두 그 권리를 취득하기 위한 대가를 분할하여 미리 지급한 것이므로 임상시험은 청구법인의 의무사항이라고 주장한다. 위와 같은 청구주장은 개발 권리들의 대가로 지급된 금원은 결국 의약품의 완성 즉, 상업화되어 순매출이 발생하는 단계의 제품에 포함될 금원이므로 개발단계에서는 과세할 수 없다는 취지로 보인다. 그러나 쟁점계약에서 '본건 제품'에 대한 연구부터 상업화까지의 포괄적인 라이선스를 청구법인에게 부여하고 있고, 이 중 '개발'에 사용할 라이선스를 다른 라이선스들과 구분하고 있는데, 청구법인은 '본건 제품(쟁점물품)을 개발에 사용할 라이선스'를 부여받았고, '개발'의 정의에 임상시험이 포함되는 것으로 규정하고 있다. 임상시험은 특허권자의 권리인 신약후보물질을 개발할 권리의 핵심요소라 할 수 있는바, 임상시험을 수행할 수 있는 라이선스 자체는 신약개발의 과정에 있어 독립적이고도 중요한 사안이므로 이 또한 하나의 독립된 '권리'로 볼 수 있고, 쟁점계약에서도 임상시험이 포함된 개발의 범주를 명확하게 정하고 있으며, 그러한 권리사용에 대한 대가 지급(개발 마일스톤 지급을 말한다) 기준을 별도로 규정하고 있다. (나) 쟁점마일스톤은 쟁점물품에 제화된 기술 사용에 대한 대가이므로 관련성을 충족한다. 쟁점물품은 쟁점계약 별첨 A에 기재되어 있고, 쟁점수출자에 의해 발견된 물질인 '본건 물질'이 약제화된 물품(Product)이다. 의약품의 임상시험은 새로운 의약품의 안전성과 유효성을 평가하기 위해 사람을 대상으로 실시하는 연구로 제2상 임상시험의 경우에는 100명∼300명의 환자를 대상으로 실시하고, 약물의 유효성 검토 및 최적 용량 결정, 투약 방법 분석을 위해 실시되는바, 임상시험을 수행하여 관련 기술의 효능을 확인하기 위해서는 특허권자의 특허 등이 체화된 의약품이 반드시 존재할 수밖에 없다. 쟁점물품은 청구법인에게 부여된 개발(제2상 임상시험) 권리를 사용하기 위해서 반드시 필요한 것이고, 청구법인이 제2상 임상시험을 수행하기 위해서는 쟁점수출자의 원천기술 없이 쟁점물품을 자체적으로 제조하거나 조달하지 못하므로 쟁점수출자로부터 쟁점물품의 수입이 반드시 수반되어야 한다. 쟁점계약에서 개발단계에 부여된 라이선스의 대가인 개발 마일스톤과 장래 신약 개발이 성공하여 완성약이 판매되는 때의 라이선스 대가인 판매 마일스톤 및 로열티를 구별하고 있는바, 이는 쟁점수출자가 개발 마일스톤을 통해 자신의 특허 및 노하우에 대한 대가를 '본건 제품'의 상업화 단계 이전에 회수하려는 목적이다. 개발 마일스톤의 지급조건상 청구법인이 1단계 개발 마일스톤을 지급하여 제2상 임상시험이 완료되고, 제3상 임상시험 단계를 지속하기 위해서는 지급조건(이벤트) 2항 '제3상 임상 환자에 첫 투여'를 달성한 후 쟁점수출자에게 2단계 개발 마일스톤 지급하여야 하는바, 쟁점마일스톤은 제2상 임상시험에 한하여 유효한, 제2상 임상시험만을 대상으로 지급되는 금액이다. 쟁점계약상 '개발'은 상업화를 배제하여 그 이전 단계의 임상시험 및 정부의 규제 승인을 위한 정보의 개발에 한정됨을 명확하게 하고 있고, 특히 제4.1조에서 청구법인의 개발 책임에 대해 제2상 임상시험임을 규정하고 있는바, 쟁점마일스톤은 제2상 임상시험을 전제로 하여 지급된 것이다. (다) 청구법인은 쟁점마일스톤의 반대급부로 쟁점수출자로부터 쟁점물품과 그간 축적된 쟁점물품과 관련된 정보를 받았다. 청구법인이 쟁점수출자로부터 이전받은 정보 및 기술은 쟁점계약 이전 단계에서 제공받은 임상시험자료집, 제1상 임상시험결과보고서 등 쟁점물품에 대한 것이고, 개발 이후 단계의 제조기술은 별도로 계약을 체결하여 이전받아야 하나 현재까지 그러한 계약은 확인된 바 없다. 청구법인이 쟁점마일스톤을 지급하고 쟁점수출자로부터 받은 반대급부는 쟁점물품에 체화된 정보와 수입된 쟁점물품 이외에는 없는바, 쟁점마일스톤은 쟁점물품을 위한 대금지급으로 간주될 수 있다. (3) 쟁점마일스톤은 거래조건으로 지급되었다. 청구법인이 제2상 임상시험을 수행하기 위해서 쟁점물품의 구매가 필수적이고, 쟁점물품은 쟁점수출자가 아닌 제3자로부터는 구매할 수 없으며, 쟁점물품의 구매와 관련하여 양 당사자는 새로운 계약을 약정하지 않았고, 쟁점계약에서 명시하고 있는 지급금을 지급하지 않는 경우(쟁점계약 제13.4조의 지급불능에 따른 해지 조항을 말한다) 전체 계약을 해지하도록 규정하고 있다. 쟁점마일스톤의 지급조건은 청구법인 또는 쟁점수출자에 의해 대한민국 또는 중국에서 D와 병용으로 '본건 제품'이 제2상 임상 환자에 첫 투여이고, 쟁점계약상 쟁점물품의 수입 목적은 '본건 물질'․'본건 제품'을 개발에 사용할 수 있는 라이선스 중 하나인 제2상 임상시험이다. 청구법인은 개발 마일스톤의 지급시기를 가정하여 쟁점처분의 부당함을 주장하나, 수입물품에 대한 권리사용료 가산의 요소인 거래조건성은 권리사용료에 대한 지급 시점이 아닌, 본질적으로 그러한 권리사용이 어떠한 물품을 수입하기 위한 거래의 전제가 되었는지가 중요하다. 또한, 실제지급금의 관점에서 보더라도 쟁점마일스톤은 과세가격에 가산되어야 하는바, 실제지급가격이란 수입물품의 대가로서 구매자가 지급하였거나 지급하여야 할 총금액을 말하고, 청구법인이 쟁점마일스톤의 대가로 교환된 반대급부는 쟁점물품과 쟁점물품 관련 정보 이외에는 없으므로 쟁점물품을 구성하는 원가의 개념에 비추어 보더라도 쟁점마일스톤은 쟁점물품과 쟁점물품의 연구 개발과정에서 확보된 정보에 대한 대가이므로 쟁점물품의 거래가격에 포함되어야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점 쟁점마일스톤을 권리사용료로 보아 부가가치세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2019.12.2. 쟁점수출자와 쟁점계약을 체결하고, 2023.10.4. 일부 수정하였는데, 그 주요 내용은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 쟁점계약서 주요 내용(청구법인 번역본) OOO (나) 청구법인은 쟁점계약에 따라 2019.12.16. 쟁점수출자에게 업프런트 미화 OOO 달러를 지급하였고, 쟁점수출자가 c을 통하여 별도로 수행하던 제2상 임상시험 과정에서 국내 환자에게 쟁점신약후보물질을 최초로 투약함으로써 쟁점계약 제8.2조의 지급조건이 달성되자, 2020.4.1. 쟁점수출자에게 쟁점마일스톤 OOO 달러를 지급하였다. (다) 청구법인은 쟁점계약에 따라 위암 적응증에 대한 쟁점신약후보물질의 국내 제2상 임상시험을 수행하기 위하여 2021.3.8. 및 2022.10.28. 쟁점물품 576병(병당 각 24정)을 수입하면서 쟁점계약서 별첨 F에서 정한 가격(단가)대로 쟁점물품의 과세가격(총 미화 OOO달러)을 신고하였고, 2021.3.17. 및 2022.11.9. 쟁점수출자에게 미화 OOO달러를 쟁점물품의 대금으로 지급하였다. (라) 처분청은 청구법인에 대하여 관세조사를 실시한 결과, 쟁점마일스톤이 권리사용료로서 쟁점물품과 관련되고 거래조건으로 지급되었다고 보아 쟁점물품의 과세가격에 가산하여 과세였으나, 업프런트 4백만 달러에 대해서는 과세하지 않았다. (마) 쟁점수출자가 청구법인에게 회신한 서신에서 쟁점마일스톤은 청구법인이 쟁점신약후보물질의 개발 및 상업화할 수 있는 권리와 의무를 부여받는 독점적 라이선스의 대가를 분할하여 지급하는 것으로서 쟁점물품의 대가가 아니고, 쟁점물품의 대가는 제조비용을 기반으로 결정된 쟁점계약서 별첨F에서 정한 금액이며, 쟁점수출자는 다른 임상시험 수행자들에게도 임상용 의약품을 제공하는데, 해당 임상용 의약품을 제공할 때에도 임상용 의약품의 대가 외에 별도의 라이선스료를 지급받지 않는다는 취지가 나타난다. (바) 청구법인은 제약업계에서 마일스톤은 신약 개발이 최종적으로 성공할 때까지의 각 단계별 성공보수를 의미한다는 취지의 한국제약바이오협회의 의견서를 제출하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점마일스톤이 권리사용료로서 쟁점물품과 관련되고 거래조건으로 지급되었으므로 과세대상이라는 의견이나, 쟁점물품을 수입하여 청구법인이 취득할 권리가 무엇인지 명확히 밝히지 못하고 있고, 「관세법 시행령」 제19조 제2항에서 규정한 권리의 형태를 특정하지도 못하는 점, 쟁점계약서상 청구법인이 취득할 권리는 장래 쟁점신약후보물질을 포함한 의약품의 시판허가를 받았을 때 이를 독점적으로 상업화할 권리로 보이고, 임상시험은 그 개발 과정에서 청구법인이 수행하여야 할 의무로 보일 뿐 그 자체를 권리라고 보기 어려운 점, 쟁점계약서 제6.2조에서 쟁점수출자가 별첨 F에 명시된 일정에 따라 임상시험의 목적으로만 쟁점물품을 청구법인에게 공급하고 청구법인은 이에 대한 대가를 지급하도록 규정하고 있을뿐 쟁점계약서에서 쟁점물품을 반드시 쟁점수출자로부터 구매하여야 한다는 내용은 확인되지 아니하는 점, 쟁점계약서 제8.2조에서 개발 마일스톤은 쟁점물품의 수입이나 사용과 관계없이 특정 사안(event)이 발생하면 지급하도록 규정하고 있고, 청구법인의 쟁점마일스톤 지급은 쟁점물품의 수입과 무관하게 제3자가 쟁점신약후보물질을 제2상 임상시험자에게 첫 투여되었기 때문에 이루어진 점, 쟁점물품의 대가는 쟁점계약서 별첨 F에 명시된 금액으로 보이고, 쟁점계약상 쟁점물품을 수입하지 않더라도 개발 마일스톤의 지급조건이 충족되면 청구법인은 개발 마일스톤을 지급할 수밖에 없으므로 쟁점마일스톤이 쟁점물품과 관련성이 있다거나 거래조건으로 지급된 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점마일스톤을 권리사용료로 보아 쟁점물품의 과세가격에 가산하여 청구법인에게 부가가치세 등을 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「관세법」제131조 및 제128조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 관세법 제30조(과세가격 결정의 원칙) ① 수입물품의 과세가격은 우리나라에 수출하기 위하여 판매되는 물품에 대하여 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격에 다음 각 호의 금액을 더하여 조정한 거래가격으로 한다. 다만, 다음 각 호의 금액을 더할 때에는 객관적이고 수량화할 수 있는 자료에 근거하여야 하며, 이러한 자료가 없는 경우에는 이 조에 규정된 방법으로 과세가격을 결정하지 아니하고 제31조부터 제35조까지에 규정된 방법으로 과세가격을 결정한다.

4. 특허권, 실용신안권, 디자인권, 상표권 및 이와 유사한 권리를 사용하는 대가로 지급하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 산출된 금액 (2) 관세법 시행령 제19조(권리사용료의 산출) ① 법 제30조 제1항 제4호에서 "이와 유사한 권리"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 저작권 등의 법적 권리

2. 법적 권리에는 속하지 아니하지만 경제적 가치를 가지는 것으로서 상당한 노력에 의하여 비밀로 유지된 생산방법ㆍ판매방법 기타 사업활동에 유용한 기술상 또는 경영상의 정보 등(이하 "영업비밀"이라 한다) ② 법 제30조 제1항의 규정에 의하여 당해 물품에 대하여 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격에 가산하여야 하는 특허권ㆍ실용신안권ㆍ디자인권ㆍ상표권 및 이와 유사한 권리를 사용하는 대가(특정한 고안이나 창안이 구현되어 있는 수입물품을 이용하여 우리나라에서 그 고안이나 창안을 다른 물품에 재현하는 권리를 사용하는 대가를 제외하며, 이하 "권리사용료"라 한다)는 당해 물품에 관련되고 당해 물품의 거래조건으로 구매자가 직접 또는 간접으로 지급하는 금액으로 한다. ③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 권리사용료가 당해 물품과 관련되는 것으로 본다.

1. 권리사용료가 특허권에 대하여 지급되는 때에는 수입물품이 다음 각목의 1에 해당하는 물품인 경우

가. 특허발명품

나. 방법에 관한 특허에 의하여 생산된 물품

다. 국내에서 당해 특허에 의하여 생산될 물품의 부분품ㆍ원재료 또는 구성요소로서 그 자체에 당해 특허의 내용의 전부 또는 일부가 구현되어 있는 물품

라. 방법에 관한 특허를 실시하기에 적합하게 고안된 설비ㆍ기계 및 장치(그 주요특성을 갖춘 부분품 등을 포함한다)

5. 권리사용료가 실용신안권 또는 영업비밀에 대하여 지급되는 때에는 당해 실용신안권 또는 영업비밀이 수입물품과 제1호의 규정에 준하는 관련이 있는 경우

6. 권리사용료가 기타의 권리에 대하여 지급되는 때에는 당해 권리가 수입물품과 제1호 내지 제5호의 규정 중 권리의 성격상 당해 권리와 가장 유사한 권리에 대한 규정에 준하는 관련이 있는 경우 ⑤ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 권리사용료가 당해 물품의 거래조건으로 지급되는 것으로 본다.

1. 구매자가 수입물품을 구매하기 위하여 판매자에게 권리사용료를 지급하는 경우

2. 수입물품의 구매자와 판매자 간의 약정에 따라 구매자가 수입물품을 구매하기 위하여 당해 판매자가 아닌 자에게 권리사용료를 지급하는 경우

3. 구매자가 수입물품을 구매하기 위하여 판매자가 아닌 자로부터 특허권 등의 사용에 대한 허락을 받아 판매자에게 그 특허권 등을 사용하게 하고 당해 판매자가 아닌 자에게 권리사용료를 지급하는 경우 ⑥ 제2항을 적용할 때 구매자가 지급하는 권리사용료에 수입물품과 관련이 없는 물품이나 국내 생산 및 그 밖의 사업 등에 대한 활동 대가가 포함되어 있는 경우에는 전체 권리사용료 중 수입물품과 관련된 권리사용료만큼 가산한다. 이 경우 관세청장은 필요한 계산식을 정할 수 있다.